La sfârșitul secolului al XIX-lea, pe teritoriul actual al comunei funcționau, în plasa Borcea a județului Ialomița, funcționau comunele Ceacu și Călărașii Vechi. Comuna Călărașii Vechi avea doar satul de reședință, precum și târlele Calangi, Grătaru, Stâlpu, Trestia, Gara Silistra, Revederea, Maican, Vadu Cailor, Osman, Luchia și Siliștea Înaltă, având în total o populație de 1097 de locuitori; în comună funcționau o școală mixtă cu 57 de elevi (dintre care 21 de fete) și o biserică. Comuna Ceacu avea în unicul ei sat 1595 de locuitori, o biserică și o școală mixtă cu 77 de elevi (dintre care nouă fete).

În 1925, satul Cuza Vodă, format prin împroprietărirea țăranilor începând cu anul 1899, apare în anuarul Socec ca reședință a unei comune nou-înființate (și care probabil cuprindea și satul Ceacu, care este lipit de el), cu 4500 de locuitori. Comuna Călărașii Vechi, cu satele Călărașii Vechi și Mircea Vodă, avea 3305 locuitori. Ambele comune erau arondate plășii Ciocănești din același județ.

Legea administrativă din 1931 arată apoi că comuna Ceacu avea în compunere satele Ceacu și Cuza Vodă, iar comuna Călărașii Vechi — doar satul Călărașii Vechi.

În 1950, comunele au trecut la raionul Călărași din regiunea Ialomița și apoi (după 1952) din regiunea București și în timp, comunele Ceacu și Călărașii Vechi au fost comasate, formând comuna Cuza Vodă, după noul sat mare apărut în secolul al XX-lea în mijlocul ei. În 1969, comuna Cuza Vodă a trecut din nou la județul Ialomița (reînființat). În 1981, o reorganizare administrativă regională a dus la transferarea comunei la județul Călărași.