La sfârșitul secolului al XIX-lea, comuna făcea parte din plasa Oltenița a județului Ilfov și era formată din satele Frăsinet și Noua Văcărească, cu 916 locuitori ce trăiau în 216 case și 22 de bordeie. În comună existau două biserici, o școală mixtă, o moară cu aburi și una de apă. La acea vreme, pe teritoriul actual al comunei mai funcționa, în aceeași plasă, și comuna Tăriceni, formată din satele Curătești, Luptători, Odaia Vlădichii și Tăriceni, cu 1351 de locuitori. Comuna Tăriceni avea trei biserici (la Curătești, Odaia Vlădichii și Tăriceni) și două școli mixte.

Anuarul Socec din 1925 consemnează comunele în plasa Sărulești a aceluiași județ, comuna Frăsinet având 1147 de locuitori în satele Frăsinet, Ciorușelu, Noua Văcărească și în cătunul Mavrodinoaia. Comuna Tăriceni, în aceeași compoziție plus satul Sultana, avea 2256 de locuitori.

În 1950, cele două comune au trecut în componența raionului Oltenița din regiunea București. În 1968, ele au revenit la județul Ilfov, reînființat, comuna Tăriceni fiind desființată și inclusă în comuna Frăsinet, care a căpătat forma actuală. În 1981, o reorganizare administrativă regională a dus la transferarea comunei la județul Călărași.