La sfârșitul secolului al XIX-lea, pe teritoriul actual al comunei funcționa comuna Aprozi-Negoești, în plasa Negoești a județului Ilfov. Ea era formată din satele Aprozi, Frecați, Lacu Cocorului și Negoești, având în total 1235 de locuitori, ce trăiau în 281 de case și 12 bordeie. În comună funcționau o moară cu aburi, două biserici (la Aprozi și Negoești) și o școală mixtă, iar principalii proprietari de pământuri erau generalul Manu, statul și Elena C. Cornescu. Anuarul Socec din 1925 consemnează această comună în plasa Budești a aceluiași județ, sub numele de Aprozi, având în compunere satele Aprozi, Negoești și Șoldanu. În 1931, a apărut comuna actuală, denumită Negoești și formată din satele Negoești-Poșta și Șoldanu.

În 1950, comuna a trecut în administrarea raionului Oltenița din regiunea București, revenind la județul Ilfov în 1968, ea având atunci deja numele de Șoldanu, de la noua reședință. În 1981, o reorganizare administrativă regională a dus la transferarea comunei la județul Călărași.