La sfârșitul secolului al XIX-lea, teritoriul actual al comunei făcea parte din comuna Călărașii Vechi, iar satul tocmai apăruse în jurul stației de cale ferată „Siliștea”, având numele de „Gara-Siliștea”. Anuarul Socec din 1925 consemnează însă deja comuna ca fiind înființată, cu numele de Ștefan Vodă, având 1808 locuitori și aparținând plășii Ciocănești din județul Ialomița.

În 1950, comuna a fost arondată raionului Călărași din regiunea Ialomița și apoi (după 1952) din regiunea București. În 1968, a revenit la județul Ialomița, reînființat. În 1981, o reorganizare administrativă regională a dus la transferarea comunei la județul Călărași.

Fiind comună nou creată, pentru administrația publică locală problemele ce trebuiau rezolvate nu erau deloc ușoare. În primul rând nu existau sedii pentru principalele instituții ale comunei: primărie, școală, biserică, post de jandarmi, etc.

În 1922, cu sprijinul Ministerului Învățământului și cu contribuția în muncă a locuitorilor comunei, se construiește un local de școală unde învață și astăzi copiii locuitorilor acestei comune.

În anul 1924 se terminau lucrările la biserica din comună, iar în anul 1938 s-a pietruit drumul ce face legătura dintre sat și Drumul Național 21 – Slobozia Călărași.

În anul 1932, în timpul mandatului de primar al lui Constantin Petru s-a construit sediul Primăriei unde funcționează și astăzi administrația publică locală.

Comuna Ștefan Vodă face parte din Regiunea Sud Muntenia fiind amplasată partea de sud-est a județului Călărași, la 14 km de municipiul Călărași, capitala județului și la 120 km de capitala țării.