La sfârșitul secolului al XIX-lea, comuna purta numele de Fundeni-Gherasi și făcea parte din plasa Dâmbovița a județului Ilfov. Avea în compunere satele Băduleasa, Dimache, Fundeni, Perișoru și Zoicaru, cu o populație totală de 1432 de locuitori ce trăiau în 300 de case. În comună existau o biserică, o școală mixtă, o moară de apă și o grădină botanică. La acea vreme, pe teritoriul actual al comunei, funcționa în aceeași plasă și comuna Frunzinești ce avea în satele Frunzinești, Lilieci, Pițigaia și Orasca 468 de locuitori ce trăiau în 110 case. Și aici erau o biserică, o școală mixtă și o moară de apă.

Până în 1925, mai multe sate au fost desființate și comasate, astfel că Anuarul Socec din acel an consemnează unirea celor două comune sub numele de Fundeni-Frunzănești, în plasa Pantelimon a aceluiași județ, având 2720 de locuitori și fiind compusă din satele Frunzănești, Fundeni, Lilieci și Păroaia.

În 1950, comuna Fundeni-Frunzănești (denumită începând de la un moment dat doar Fundeni) a fost transferată raionului Brănești și apoi (după 1952) raionului Oltenița din regiunea București. În 1968, comuna mai avea în compunere satele Fundeni, Frunzănești și Păroaia, dintre care ultimele două au fost atunci desființate și comasate cu satul Fundeni, rezultând comuna cu actuala alcătuire; ea a revenit la județul Ilfov, reînființat. În 1981, o reorganizare administrativă regională a dus la transferarea comunei la județul Călărași.