La sfârșitul secolului al XIX-lea, pe teritoriul actual al comunei exista doar comuna Mărculești, în plasa Ialomița-Balta a județului Ialomița. Ea era formată din satele Mărculești și Morile și din cătunele Tutungiu, Cialâc, Scorduf și Movila Popii. În 1931, apare comuna Perișoru, formată din satele Perișoru și Cocargeaua Nouă. În 1950, a trecut în administrația raionului Fetești din regiunea Ialomița, apoi (după 1952) din regiunea Constanța și (după 1956) din regiunea București.

În forma actuală, comuna a trecut la județul Ialomița (reînființat) în 1968. În 1981, o reorganizare administrativă regională a dus la transferarea comunei înapoi la județul Ialomița. În 1981, o reorganizare administrativă regională a dus la transferarea comunei la județul Călărași.